2010年購買的128臺Illumina測序儀讓華大基因成為全世界最大的測序服務(wù)商，同時也使Illumina完成商業(yè)爬坡，成為行業(yè)巨頭。同時，華大基因也成為Illumina最大客戶，一度占其業(yè)務(wù)量的40%。

當(dāng)基因技術(shù)走出科學(xué)研究，產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用市場成熟時，全球基因測序儀市場增長放緩，產(chǎn)業(yè)鏈上下游開始了明爭暗斗。

華大基因向國家監(jiān)管部門申請基因測序設(shè)備注冊審批時，按照法規(guī)需要提供設(shè)備制造商的基本資料，但華大基因向昔日的合作伙伴索要材料時卻遭到了拒絕。同時，與華大基因合作的儀器商，還以各種借口拖延并終止已購設(shè)備的維修，并將價格本就偏高的臨床使用試劑耗材提價近一倍，讓華大基因近1億美元的設(shè)備險些陷入癱瘓。

2010年華大基因買下128臺測序儀后，Illumina隨即宣布其配套試劑價格每年將漲價4%。媒體報道稱，此前，Illumina的Hiseq500測序系統(tǒng)在中國標價為25萬美元/套，HiseqXTen測序系統(tǒng)為100萬美元/套，幾乎是其美國本土銷售價格的2倍。中國市場成為外國廠商的“奶?！?。

從2012年開始，國外幾家主要儀器商紛紛轉(zhuǎn)型進入技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域，并把業(yè)務(wù)拓展重點瞄準中國市場。他們同樣掌握著基因測序技術(shù)，而且還擁有中國企業(yè)沒有的核心儀器設(shè)備研發(fā)制造優(yōu)勢。這一點，成為打壓下游企業(yè)，尤其是中國本地企業(yè)的一大利器。

痛定思痛之后，華大基因決定通過反向收購上游公司，來補齊儀器設(shè)備核心技術(shù)的短板。

這一次，華大基因賣出了華大科技42%的大額股份，開始了以股份換取技術(shù)和市場的道路，才得以完成這樁交易。

遺憾的是，CG的技術(shù)并不能立即應(yīng)用于華大基因的檢測中，而且每年華大基因還要為之付出大筆費用—在被收購前，CG虧損約5000萬美元。

2013年，業(yè)界對CG的技術(shù)能力就有爭議。美國阿拉巴馬州哈森阿爾法生物技術(shù)研究院研究員韓健認為，CG不能替代Illumina，“至少沒有看到這樣的數(shù)據(jù)”。廣泛流傳的比喻則指“CG與Illumina的差距類似于小靈通與iPhone”。

“華大基因收購的CG，還在努力升級當(dāng)中?！鼻笆鋈A大基因內(nèi)部人士表示，直到2015年初，CG的測序儀還起不了太大作用，“華大基因在考慮重新買回Illumina測序儀”。這些也造成了2014年華大基因利潤的下降。

CG亦有進展。除了剛剛面世的超級測序儀，2015年初，華大醫(yī)學(xué)和意大利BioscienceGenomics簽署協(xié)議，授權(quán)后者使用華大基因用于無創(chuàng)產(chǎn)前檢測的高通量基因測序平臺。截至2015年3月，華大基因作為全球最大的基因測序公司，其基因技術(shù)已應(yīng)用于英國、澳大利亞、西班牙等60多個國家和地區(qū)的2000多家醫(yī)院或單位。2014年在國內(nèi)首次獲批的兩款華大第二代基因測序儀，其中一款BGISEQ-1000就基于CG原有的測序儀。